Храм Иоанна Предтечи в Керчи считается одной из самых древних крымских церквей. Храм был создан в 8-9 веке, что подтверждает наличие греческой надписи на одной из его колонн. Также в церковной кладке во время реконструкции были обнаружены амфоры 8-9 века, которые использовались в качестве голосников.
Древние создатели храма постарались придать ему необычный и незабываемый облик. Он был построен и освещен в честь крестителя Христа Иоанна Предтечи. До наших дней в церковном дворе находится каменная плита с небольшим углублением, похожим на след человека, что согласно преданиям является следом самого святого Иоанна Предтечи.
В советский период храм Иоанна Предтечи в Керчи получил статус памятника архитектуры, что спасло его от разрушения, но не от обветшания и запустения. Здание церкви постепенно разрушалось, кресты с него полностью убрали, купол постепенно проседал, но храм все равно оставался привлекательным для туристов.
В 70-х годах прошлого века началась реставрация древнего храма, под руководством архитектора Лопушинской Е. Это был долгий и трудоемкий процесс. На начальном этапе был возведен металлический каркас, поддерживающий остатки церковного купола и барабан, чтобы они не рухнули в процессе работы. Затем были отреставрированы стены колокольни и пристроек.
В 1972 году приступили к реставрации уже самого здания храма. При этом художники стремились сохранить его древний облик, заменяя лишь полностью разрушенные элементы его конструкции. Для этого реставраторы изучали древние образцы кирпича и черепицы, для того чтобы изготовить точно такие же. Был подобран камень-известняк, аналогичный тому, что использовался в строительстве храма двенадцать столетий назад. Художники-реставраторы восстановили и закрепили настенные росписи и обвалившийся слой сохранившейся местами штукатурки. На куполе был установлен новый крест.
После завершения реставрации в здании храме была размещена лапидарная коллекция музея. В 90-х годах храм Иоанна Предтечи был опять возвращен в собственность церкви.
В наши дни в нем регулярно проходят богослужения.
