Общая площадь, включая филиал «Лебяжьи острова», составляет 88 601 гектар.
На территории заповедника находятся самые высокие вершины Крыма: Роман-Кош (1545 м н.у.м.), Демир-Капу (1541 м н.у.м.) и Зейтин-Кош (1537 м н.у.м.).
В заповедных горах берут начало многие важнейшие реки Крыма: Альма, Кача, Улу-Узень, Авунда и др.
Склоны гор покрыты лесами – дубовыми, буковыми, сосновыми, а вершины (яйлы) занимают горно-луговые степи.
Флора заповедника представлена более 2500 видами растений и грибов, из которых 42 вида занесено в Красную книгу РФ и 22 вида – в Красный список Международного союза охраны природы.
В заповеднике обитают около 250 видов животных, в том числе олень благородный, дикий кабан, европейский муфлон, косуля. Из птиц особенное внимание привлекает чёрный гриф (занесён в Красную книгу РФ) и белоголовый сип – крупные хищные птицы Европы.