Экспозиционная территория музея представляет собой благоустроенную туристическую площадку на месте расположения Южного дворца Неаполя Скифского — крупнейшей варварской крепости Северного Причерноморья II в. до н.э. -III в. н.э., упомянутой в античных эпиграфических источниках.
Развалины древнего укрепления на плато Керменчик в начале XIX века активно использовались для добычи строительного камня. В 1827 г. собиратель древностей А.И. Султан-Крым-Гирей Ката Гирей встретил повозку, на которой везли камень с Керменчика. На ней он заметил известняковую плиту с рельефным изображением всадника, известняковый и два мраморных постамента с греческими надписями. Султан-Крым-Гирей купил эти камни и сообщил о них директору Одесского музея древностей И.П. Бларамбергу, который, прибыв сюда, произвел небольшие раскопки. Были обнаружены обломки рельефов из известняка и мрамора, несколько золотых бляшек и фрагмент черепицы с клеймом.
В 1834 г. исследования Керменчика продолжил швейцарский путешественник Фредерик Дюбуа де Монпере. Он детально осмотрел городищ, сделал, сделал новый план и исследовал несколько склепов и курган на Восточном некрополе.
